такое очень часто бывает,
что вручную скрипт работает, а через крон не запускается.

сперва надо проверить установлен ли крон.
rpm -qa |grep cron
crontabs-1.10-8
anacron-2.3-45.el5.centos
vixie-cron-4.1-76.el5
Ну и проверить запущен ли
/etc/init.d/crond status

возможно проблема в путях
если ты запускаешь скрипт который работает с файлами в текущй директории
то крон работает от $HOME и не находит соответствующие файлы.

попробуй прописать абсолютные пути.

другой вариант что мне нужно было прописать от какого юзера выполнять команду
*/5 * * * * sudo -u user /usr/bin/rsync -azrC --log-file= и так далее

возможно в этом проблема